公元前479年，中国历史长河中平凡的一年。
这一年，鲁哀公统治鲁国已经有十六个年头了。当年的鲁国非常弱小，常受周围诸侯国欺凌，而这一年，却是相安无事。
这年的四月十一日，七十三岁的孔子，病逝了。
孔子当时虽名闻诸侯，却不被看重。他开创的儒家学派，提倡以礼治国，要求人人恪守仁义道德。但孔子生不逢时，他所处的那个时代是列国争雄、权臣凌主。他们本身就干着不仁不义的勾当，岂肯听从孔子的说教？尽管孔子不辞劳苦周游列国，到处游说自己的主张，却是处处碰壁。所以他死了，列国诸侯也没当回事。
鲁哀公倒是有些悲伤，鲁国是重伦理的，况且孔子的父亲叔梁纥有功于鲁，受封为大夫，孔子也曾为鲁国出了不少力。孔子过世，鲁哀公觉得应该有所表示，就写了几句悼词。
孔子故宅门
第二年，鲁哀公又下令把孔子生前居住的三间房子改为孔子的祀庙。在祀庙中，奉祀着孔子母亲颜征在、孔子和他的妻子亓官氏的神位，还收藏着孔子的衣、琴、书、车等遗物。
孔子的庙堂虽然寒酸、简陋，但它不像权贵门的庙堂一样随着江山易主、权位转移而颓败荒芜，而是绵延不绝、香火日盛。
孔子那套仁义说教不适合弱肉强食的时代。那时，臣子夺权，大国争霸，不破坏仁义道德是不行的。但夺取天下后，守江山时就派上用场了，因为仁义道德可用来束缚臣子的手脚，消除反叛之心。所以，孔子的思想是维护统治者地位的绝好武器，由此决定了孔子思想必定会受到当权者的青睐。
不过，这是需要一个相当时间的认识过程。
焚书坑儒
秦始皇统一中国后，没有认识到儒学的价值，反而把它列为禁止传播的学说之一。结果，暴力统治下的秦朝，二世而终。贾谊在《过秦论》指出：“仁义不施，而攻守之势异也。”意思是说打天下可以用暴力，但统治和巩固天下，就要因势而变，多施仁政了。
刘邦起兵争夺天下，一开始也是蔑视儒学。甚至于有儒生来投奔他，竟然拿人家的帽子当尿盆；谁要是向他讲仁义道德，他也是破口大骂。但灭掉项羽，君临天下后，他对儒学的看法渐渐有了变化。临死那年，他回老家沛县看望乡亲，回京路上，特地去了曲阜，以隆重的太牢（牛、猪、羊各一）祭祀孔子。刘邦也因此成为了中国历史上第一个亲祭孔子的皇帝。
董仲舒：罢黜百家、独尊儒术
刘邦死后61年，即元光元年（公元前134年），他的曾孙汉武帝刘彻，听取董仲舒“罢黜百家、独尊儒术”的建议，将儒学作为统治中国的思想基础，将孔子捧上了正统的宝座。
自此以后，无论谁人登上皇帝宝座，孔子的儒学始终是中国封建社会的统治思想。而作为尊孔的表现之一，孔庙也因此被日趋看重。
在孔子儒学思想获得独尊地位20余年后，司马迁来到了曲阜，拜谒了孔庙，瞻仰了孔子的衣、琴、书、车，祗回徘徊，久久不肯离去。【司马迁《孔子世家赞》：太史公曰：《诗》有之：“高山仰止，景行行止。”虽不能至，然心乡往之。余读孔氏书，想见其为人。适鲁，观仲尼庙堂车服礼器，诸生以时习礼其家，余祗回留之不能去云。】
这时的孔庙，已经成为人们心目中的圣地。不过，孔庙建制仍旧是庙屋三间，修缮费用还得由孔子后裔所出。
建宁元年（公元168年），曲阜所在的鲁国开始拨款修治孔庙，修补了围墙，装修了庙宇，疏通了排水沟。从此以后，修治孔庙便成了国事了。
郦道元与《水经注》
汉末战乱，以致于孔庙荒芜。魏文帝曹丕登上帝位的当年（公元220年），便诏令鲁郡进行修复。这次重修，规模上没有扩大，直到北魏时，孔庙还是庙屋三间。北魏郦道元在《水经注》卷25中记载：
“庙屋三间，夫子在西间，东向；颜母在中间，南向；夫人隔东一间，东向。夫子床前有石砚一枚，作甚朴，云平生时物也。鲁人藏孔子所乘车于庙中，是颜路所请者也。献帝时，庙遇火，烧之。”
依此记载，孔子庙屋如旧，但衣、琴、书、车已经不见了。