书院的名称始于唐代，但是唐代之前的朝代就已出现了一些古代学校或与之相关的事物。譬如，夏代有国家性质的"序"和地方性质的"校"；商代不但王都有教育机构——"大学小学"，地方也有学校；春秋战国时期，儒释道构成后来书院的主流文化内涵；秦代郡县普遍设有地方官学——"学室"；汉代的鸿都门学成为后来专科教育的源头，辞赋取士是隋唐科举制度诗歌选拔的前奏；魏晋南北朝时期是教育上"继汉开唐"的新时期，如施行"九品中正制"；隋朝创立了科举制，隋炀帝下诏要求各地推举具有十个方面才能的人到中央，其中的"文才秀美"科就是后来的进士科。
可以说，唐代之前的朝代是书院的萌芽期。那么，从唐代开始，各朝各代都有哪些著名的书院呢？
一、唐代的书院
唐代是中国历史上最强盛的封建王朝之一。有了前代办学的基础、雕版印刷术的熟练利用、经济的繁荣、国家的长久稳定，科举制也就得到发展并完善，书院也随之正式出现。
开元五年，唐玄宗任命马怀素专门负责国家图书，并且组织了一批文士在乾元殿整理编纂国家藏书，设乾元院。随后，乾元院迁至太子正宫丽正殿，名称改为"丽正书院"。随后东宫、京师、东都三所丽正书院也改名为"集贤书院"。后来又创立了华清宫、兴庆宫集贤书院。然而，清代袁枚在《随园随笔》中如是说："书院之名起唐玄宗时，丽正书院、集贤书院皆建于朝省，为修书之地，非士子肄业之所也。"可见当时的书院并非讲学的场所，而主要负责图书工作，且具有国家"智囊团"的功能。
由于政府对书院的提倡，民间书院也日渐发展起来，逐渐由聚书活动转向讲学，负起向社会传播文化知识的责任，拥有藏书、讲学双重功能，最为典型的是龙溪松洲书院，创办于唐中宗景龙二年，是开漳圣王陈元光之子陈珦的讲学场所，教授儒家经典与礼仪。
二、北宋的书院
宋代是古代书院发展的重要时期。当时官学长期处于低迷不振的状态，书院的产生是必然。彼时朝廷崇尚儒术，鼓励民间办学。于是，北宋有了著名的四大书院。
四大书院的说法最早出现在南宋时期，相传某日范成大游历到了衡山，参观了石鼓书院，为其写了一篇《衡山记》，首次把山东徂徕书院、江苏金山书院、湖南岳麓书院和石鼓书院称为"宋初四大书院"。稍后，吕祖谦在《白鹿洞书院记》中把嵩阳书院、岳麓书院、睢阳书院、白鹿洞书院称为"天下四大书院"。此后，有关四大书院的说法一直没有定论。民国时期，戚朗西撰写了《中国书院制度》，把石鼓书院、白鹿洞书院、嵩阳书院、岳麓书院、睢阳书院、茅山书院称为"北宋六大书院"；陈登原则在六大书院的基础上加上龙门书院和徂徕书院，合称为"八大书院"。1998年4月29日，中国邮政发行中国古代书院邮票1套4枚，所选的书院为岳麓书院、白鹿洞书院、嵩阳书院和睢阳书院，这是宋代四大书院在中国最广泛的一次宣传。
除了著名的四大书院外，北宋还有著名的东坡书院。东坡书院有两所。第一所东坡书院是后人为纪念苏轼，在他讲学之处建造的，创建于北宋时期。北宋元丰七年九月，苏轼至宜兴，对当地的山水怀有眷恋之情，常游天远堂，曾有"买一园，种橘300棵，以度晚年"之愿。后人为了纪念他，在苏轼讲学处建造东坡书院。东坡书院所处环境十分雅致，具有浓郁的民族风格，虽历经千年的风雨沧桑，但被代代乡党募资悉心修葺，至今仍保存完好。
第二所东坡书院位于海南儋州中和镇。宋哲宗绍圣四年，苏轼被贬为"琼州别驾"，与当地人结下深厚感情。儋州州守张中和黎子云兄弟共同集资，在黎子云住宅边建一座房屋，既可做苏轼及其少子苏过的栖身之处，也可作为以文会友的地方，苏轼根据扬雄"载酒问字"的典故为房屋取名"载酒堂"。从此，苏轼便在载酒堂里会见亲朋好友，并给各族学子讲学授业。清代，载酒堂改称"东坡书院"。书院旧址虽已经历了900年的风雨侵蚀，但由于当地人民出于对苏轼的怀念仰慕之情，几番修建、扩建，现已完全恢复了当年风貌，成为颇具规模的旅游点，属于全国重点文物保护单位。
三、南宋的书院
南宋书院的发达与兴盛是公认的，其标志有两个：一是它与理学的一体化，二是书院制度的完全确立。岳麓书院、白鹿洞书院、丽泽书院、象山书院因为张栻、朱熹、吕祖谦、陆九渊的主持，号为"南宋四大书院"，成为当时全国最有影响的学术中心。
其中，创建于北宋时期的岳麓书院在南宋得到更深远的发展。孝宗乾道元年，张栻主管岳麓书院，苦心经营三年，使书院远近闻名，从学者达数千人。象山书院则是南宋最具特色的书院之一。宋淳熙十四年，陆九渊因政事被贬归乡里，产生了办学念头。陆九渊自号"象山翁"，讲学的地方被称为"象山精舍"。陆九渊在象山精舍讲学赋予了象山书院的繁盛。象山书院没有固定的斋舍，不提供饮食，也没有制定学规，全然凭借精神感化。
除了"南宋四大书院"外，南宋的鹅湖书院也很著名。经由吕祖谦周旋安排的鹅湖之会在中国学术史上是一次颇为重要的朱熹、陆九渊兄弟论辩集会。朱熹认为陆九渊兄弟的教学方式太简单，而陆九渊兄弟则认为朱熹的教学方式不成体系。鹅湖之会对于书院教学有良好的促进作用，鹅湖书院便是为纪念鹅湖之会而创建的闻名书院。
四、元代的书院
元代是金戈铁马的蒙古贵族的统治时期。元代统治者也积极组织书院，倡导蒙古人、色目人和汉人一起加入到书院建设者的行列，创造了"书院之设，莫盛于元"的历史记录。
元朝统治者于窝阔台十一二年间，在燕京（今北京）创办太极书院，建周敦颐祠，以程颢、程颐、张载、杨时、游酢、朱熹六人配祀，选刻周氏遗书，礼聘江南大儒赵复在那里讲学。而元代著名的书院就是紫金山书院。紫金山书院始建于元代，人才济济，以邢州五杰为代表，在全国极富盛名。其中以郭守敬成就最高。郭守敬在数学、天文、历法、水利诸多方面都有很高造诣。
五、明代的书院
明初，因为汉族恢复统治，提倡科举，重视官学，士人也都热衷于正统学业，书院受到冷落。明中叶后，因为科举越发僵化，官学有名无实，一些理学家为救治时弊，多立书院，授徒讲学，于是，书院兴盛起来。当时书院讲学最为著名的是理学大师湛若水和王阳明。他们的弟子后学继续建立书院，聚徒讲学，于是，书院讲学之风盛行一时。
正德元年，王阳明在兵部主事任上因卷入宦官刘瑾与科道官戴铣等人的政治斗争，而遭贬谪至贵州龙场任驿丞。这为他提供了一个潜心学术的大好机会，于是他埋头研究《易》，创建龙岗书院。正德四年，王阳明应邀在文明书院讲学，首倡"知行合一"之说，各方弟子纷纷前来求教。
除了龙岗书院、文明书院外，著名的还有东林书院。东林书院创建于北宋政和元年，明朝万历三十二年，由东林学者顾宪成等人重新修复并在此聚众讲学。他们倡导"读书、讲学、爱国"的精神，引起全国学者普遍响应。东林书院一时盛况空前，成为江南地区人文荟萃的地点和议论国事的主要舆论中心。
书院的自由讲学与统治者的文化专制制度不相容，双方的矛盾越来越严重。所以，从嘉靖、万历以后，朝廷先后四次下令禁毁书院。但是，因书院有广泛的社会基础和强大的生命力，很快又得以恢复。
六、清代的书院
清代是由女真族建立起来的封建王朝，它是中国历史上继元朝之后的第二个由少数民族统治中国的王朝，也是中国最后一个封建帝制国家，中国古代书院发展到清代也经历了一个历史性的变革。书院在清代总体上是没落的，但其中富有特色的还是不少。
在康熙七年，甬上证人书院由明清之际杰出的早期启蒙思想家、著名教育家黄宗羲在宁波创办。甬上证人书院没有固定的地址和讲学堂，非常像一个流动的讲学团体。在康熙三十三年，颜元前往漳南书院任教，但是因为漳水地区经常洪水泛滥，最终院舍被冲毁，颜元在漳南书院任教四个月之后就返归故乡。在嘉庆五年，阮元在杭州西湖以前编纂《经籍纂诂》时的50间旧屋里创立新型书院，取名为"诂经精舍"，并大胆进行书院改革。道光元年，阮元又在广州城北粤秀山上开"学海堂"。
除了上述的书院外，与王夫之息息相关的船山书院可谓清末最著名的书院。王夫之是中国明末清初杰出的哲学家、思想家，字而农，号姜斋，别号一壶道人，是湖南衡阳人。王夫之晚年居衡阳的石船山，被称为"船山先生"。明亡后，王夫之在衡阳举兵抗清，战败退到肇庆。后来回到衡阳潜心治学，在石船山下筑草堂而居，撰写了许多重要的学术著作。王夫之学问渊博，对天文、历法、数学、地理学等均有研究，尤其精于经学、史学、文学。光绪四年，张宪和在回雁峰下的王衙坪王氏宗祠创立船山书院雏形。四年后，湖南提学使朱逌然倡议建立"船山书院"，将王船山出生地衡阳城内王衙坪的"船山祠"创办为"船山书院"。
七、古代书院的终结
鸦片战争之后，西方列强的入侵，中国民族危机的加深，甲午中日战争的刺激，封建教育的弊端重重，以及书院自身的颓废，是书院必须改革的重要原因。
郑观应最早提出了将书院改为书堂的建议，鸦片战争后这种主张再次被提及，并受到朝廷重视，但并没有付诸实施。光绪二十四年，康有为再次提出把书院改制为兼习中西之学的学校的建议。光绪帝在百日维新运动中通令全国书院一律改为兼习中西之学的学堂。然而，由于维新运动的失败，书院改为学堂不得不中止，但是至此书院改革已经是大势所趋。光绪二十六年八国联军一度入侵京城，书院再次改制学堂。
1903年清王朝命令张百熙、荣禄和张之洞等人以日本学制为蓝本，重新制定学堂章程。于是《奏定学堂章程》在1904年1月被公布，也被称为"癸卯学制"，这是中国第一个以法令形式公布的教育体系。"癸卯学制"的实行标志着中国几千年遗留下来的书院旧的教育制度的终结，完成了中国学校教育从古代向近代的历史性转变。
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