“三苏”都是具有离经叛道风格的思想大家，苏轼与程颐的分歧，主要认为他们不近人情，闹得冤冤不解，形成洛蜀党争。苏轼着重从政治上反对佛教、道教，其《子思论》、《荀卿论》、《韩非论》、《韩愈论》都抨击因老、庄“轻天下万物之术”，造成法家“敢于残忍而无疑”，“秦以不祀，而天下被其毒”。
苏辙则认为儒道在治国上各有得失：“汉文取老子之所长而行之，是以行之而天下丰；汉武取儒者之所失而用之，是以用之而天下弊。
”苏轼多批判佛道对治国之危害，政治观点忧思激进，彰显政治家风度。
《宋史·苏轼传》，评价苏轼在政治史、思想史、史学史、文化史、艺术史上成就卓越，堪为宇内人杰，千古罕见。苏轼一生心系天下，胸怀高远，光明磊落，为人刚正，绝不阿附逢迎，阳奉阴违。
这就难免招嫉招恨，屡遭小人诬陷荼毒，人生终是凄凉落寞，未能施展、推动历史进程的伟大抱负。这也体现中国历史悲哀的一面，阴暗的一角。
苏轼任湖州太守不久，呈奏《湖州谢志》，有句牢骚话：“愚不适时，难以追陪新进”，“老不生事，或能牧养小民”。
此前任徐州太守，将中原要冲徐州治理得井井有条，百姓安泰。可迅即改任偏远荒凉的湖州，难免不快。这些措辞被早就对他嫉妒的权臣，监察御史何大正、御史中丞李定、御史舒亶和国子博士李宜之紧盯，上书弹劾，诬其“愚弄朝廷，妄自尊大，诋毁新法”，“包藏祸心，谩骂圣上”等。
所列罪证还有一些苏轼的追随者所刻诗集《元丰续添苏子瞻学士钱塘集全册》中描写徐州的“山村五绝”。宋神宗因新法实施不力正窝火，一冲动便下旨御史台押回苏轼审查。
“山村五绝”本为吟写徐州乡村生活风俗的诗作，客观评过新法，但绝未人身攻击。审问时，宰相王圭指控其“不臣”，证据就是苏轼“根到九泉无曲处，世间唯有蛰龙知”诗句，对神宗说“陛下飞龙在天，而轼求之地下之蛰龙，不臣如此”。
连神宗也觉牵强，说苏轼只是歌吟桧树，诸葛亮不也被称“卧龙”吗？
宋神宗不算太坏，他佩服苏轼才华，祖母光献太皇太后竭力保护苏轼，内心并无迫害任何企图。
可小人得势，诽谤的言论铺天盖地，神宗也保不住苏轼了。这些小人，不是一般小人，多是“文化小人”，尤其恶心。舒亶揭发苏轼时，还揭发曾推荐他做官的大恩人，罪名都是“莫须有”。
李定因不奔母丧而遭苏轼讽刺及朝野唾骂，硬说苏轼出身“草野垢贱”，“所为文辞，虽不中理，亦足以鼓动流俗”等等，纯是妒贤嫉能。
当时知名科学家沈括，也因嫉妒而陷害苏轼，手段仍是揭发苏轼诗词讥讽朝廷。沈括深知王安石与苏轼政见不一，便顺风倒。他与苏轼还是好友，所揭发诗句正是苏轼与他分别时所作以示留念。
天地良知，这实在过份。可是，王安石毕竟是一代政治家、文学家，曾看重沈括，但最终说沈括是“一个不可亲近的小人”。
1079年7月，苏轼在湖州太守任上被捕。苏轼无罪，不承认有罪，打手们便刑讯逼供。连他在杭州做太守时考察钱塘潮时，吟咏弄潮儿的“吴儿生长狎涛渊”，亦被诬指影射圣上兴修水利。
还有一诗“道旁若李”，诬陷他不被皇帝重用，说神宗轻信了奸人。
当时，光献太皇太后生命垂危，神宗想大赦天下为她延寿，她说“放了苏轼一人就够了”。就连王安石胞弟也为苏轼求情，说“自古大度之君，不以言语罪人”。王安石与“三苏”有矛盾，但王安石是风度君子，从未将苏轼往死里逼。看来，老百姓说“宁愿得罪君子，也不能得罪小人”，是很深刻的。